Ты конечно у них спроси видео, но скорее всего с камер наблюдения видео ни кто не даст, а видео, как разбирается КПП они не делают! Придется верить им на слово или не верить, но ремонтировать за свой счет все равно придется! На счет шума скажу, что при отпущенной педали сцепления шестерни КПП в блоках вращаются с разной скоростью, а при выжимании педали сцепления шестерни в КПП начинают вращаться так, что сопротивления трения становятся минимальными, вот по этому любая неисправность в блоках шестерней или на валах шестерней или в подшипниках может вызывать шум, который при выжимании педали сцепления может пропадать. Конкретно по Вашему случаю я не знаю. Что же касается действий мастеров, то есть порядочные (честные) мастера, есть "беспорядочные" не честные мастера, но тут уже Вы выбираете сервис и мастеров! А вообще, если авто не на гарантии, то во всех регионах есть классные мастера, которые работают на дому, у которых в разы дешевле, качественней и у которых можно присутствовать как при демонтаже, так при диффектовке и сборке отремонтированных агрегатов!
P.S. В молодости у меня была 99, и стало выбивать 2-ю передачу, я так же отдал авто сервисменам на самостоятельную разборку и диффектовку без своего присутствия, в итоге надифектовали, что с работой при покупке запчастей (а в магазин ездил вместе с одним из мастеров) получалась сумма больше, чем в этом же магазине стоила новая КПП. Так я на них наехал (яйца конечно в тиски не зажимал) (им пришлось показывать неисправные детали), которые в итоге оказались исправными (просто ребятки хотели за мой счет пополнить свои запасы). В общем им пришлось еще сделать мне скидку на свою работу. Но ребятки работали в своем гараже, я имел хорошие представления о КПП, ранее не раз разбирал такие КПП и такие неисправности устранял лично. А Вам остается только платить и успокаивать себя, что неисправные детали в Вашей КПП мастера заменят и качественно произведут сборку всех агрегатов.