Заливать герметиком не лучший вариант, потолок же не мокнет, а вот дренажные отверстия забивать нельзя, хандец крыше придёт. Трубки слива у обычного люка идут прямиком под крылья (их даже видно, если снять поворотники, если они есть). Льёте со шланга на крышу, на люк, смотрите течет ли обильно вода из слива (он и слева и справа). Если нет, то течет в салон, поздравляю.