Стало быть коробку проверять надо. Когда коробку скинул, первичный вал, на котором выжимной стоит попробуй потрясти в стороны, или продольно по шатать, вдруг нащупаешь люфт.
Можно поддон с коробки скинуть, главную пару посмотреть, пощупать. Сдается в ней что то.
Если есть диагностика OBD2, можно ей глянуть на ошибки. Авось там что нибудь вылезет