Я бы проверил в двух направлениях:
1. После того, как заглушишь двигатель, открой капот и открути крышку расширительного бачка антифриза, чтобы стравить давление. Если через несколько часов машина заведется нормально, значит прокладку ГБЦ пора менять, она травит антифриз в цилиндр.
2. Поменять датчик Холла, он стоит на кожухе сцепления перед маховиком в районе радиатора. Особенно если коробку уже снимали, то датчик вполне могли покоцать, у меня так было. Это для двигателя Евро-3. У Евро-2 датчик Холла вроде стоит в трамблере, тогда его там проверять надо. Можно у автоэлектрика проверить, идут ли с этого датчика нормальные импульсы или нет.
