Дергается машина  

Масло в коробке меняли хоть раз?
Я не механик, простите! А может какой-нибудь контакт отходит? И проблема в электрике....
Посетите несколько сервисов, официалы не всегда профи!

Масло менял частично, если заглушить и заново завести, то всё становится нормально

Тогда, подозреваю, что дело в электрике!
Но есть сервисы, где масло меняют полностью!!! Сделайте это однозначно! Офицалы мне тоже меняли частично! А в специализирующемся на замене масла АКПП сервисе я менял уже два раза. У меня тоже Санта 13 года, бензин 2,4, пробег примерно 175тыс. км.
Я нашел сервис в мск на драйв2.ру, второй раз проста написал в Яндексе «замена масла АКПП» и он мне нашел сервис

У меня такое было, все что можно поменять, поменял.
Поменял датчик коленвала и все заработало.

Датчик коленвала.

Да вот тоже на него грешу, правда при диагностике он ошибку не выдаёт ??

Я трёх диагностов проехал, не показывает он ошибки.